Le programme d'entraînement initial (PEI) est un programme de 100 jours visant à placer les agents de CHERUB dans des situations dangereuses afin de les entraîner à surmonter toutes les difficultés qu'ils auront à rencontrer en mission.
Pour devenir un agent opérationnel et participer à des missions sur le terrain, tout résident de CHERUB doit participer à ce programme entre 10 et 12 ans.
Un manuel est remis à tous les participants du programme lors du premier jour. Il contient le règlement du PEI, des informations, des conseils ainsi que des cours sur les techniques de survie, une liste de plantes et champignons non comestibles, une liste des animaux dangereux, etc. Il explique aussi aux futurs agents ce qu’ils vont encourir en participant au PEI.